Subbagian Keuangan dan kepegawaian mempunyai tugas melakukan urusan pembiayaan, penerimaan, penyimpanan, pembayaran, dan pertanggungjawaban anggaran serta penyusunan rencana pengadaan, pengangkatan, mutasi, pengembangan, disiplin dan pemberhentian pegawai di lingkungan Politeknik Negeri Balikpapan.