Puncak proses dan sejarah penegerian Politeknik Balikpapan adalah pada tanggal 9 September 2011 dengan ditandatanganinya
Permendiknas Nomer 41 Tahun 2011 tentang Pendirian Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Negeri Balikpapan. Dalam masa transisi Politeknik Negeri Balikpapan tetap akan mendapatkan bantuan biaya operasional dari Pemerintah Kota Balikpapan dan Pemerintah Provinsi Kalimantan Timur seperti yang tertuang dalam surat Komitmen pembiayaan baik dari Pemerintah Kota Balikpapan, Ketua DPRD Kota Balikpapan, Pemerintah Provinsi Kalimantan Timur dan DPRD Provinsi Kalimantan Timur.
